Enne II Maailmasõda
Esimesed liigid võeti Eestis Looduskaitse seaduse alusel kaitse alla 12. mail 1936. a-l. Nimekirja kuulus 24 taimeliiki . Kaitsealuste liikide kogumine, hävitamine ja meelega kahjustamine kogu riigis oli keelatud olenemata maa omandivormist. 4. novembril samal aastal lisati nimestikku veel kaunis kuldking (Cypripedium calceolus) ja talvik (Chimphila umbellata), mille puhul oli keelatud taimede müük ja nendega kauplemine. Samuti võeti kaitse alla ka mõningad kaitstavate liikide esinduslikumad kasvukohad. Näiteks „Jugapuu kaitseala Hiiumaal“.

Kuigi loomaliike ei olnud eraldi kaitse alla võetud, oli enamikel kaitsealadel keelatud lindude hirmutamine ja jahipidamine. 1939. a-l loodi mitmed linnukaitsealad (nt Sinijärve, Merimetsa, Muuga-Uudeküla, Tagaranna heinamaa jpt).

Nõukogude aeg
Kuigi Nõukogude aja alguses tekitati looduskaitses juriidiline vaakum, järgiti valdavalt varem kaitse alla võetud loodusobjektide puhul seni kehtestatud nõudeid. Nõukogude okupatsiooni ajal oli esimeseks looduskaitset puudutavaks õigusaktiks 7. juunil 1957. a-l vastuvõetud seadus „Eesti NSV looduse kaitsest“. Sellega moodustati Looduskaitse Valitsus, mis kinnitas 1958. a 24 detsembril kaitsealuste liikide loetelu. Sinna kuulus 55 taimeliiki ja 54 loomaliiki , -perekonda ja -seltsi. Kusjuures kaitstavate taimede puhult eristati 2 nimekirja: dekoratiivsed taimeliigid ja taimeliigid — loodusmälestusmärgid. Esimeste puhul oli keelatud nende müük ja kogumine müügi otstarbel. Ka loomade nimekirjast 14 loeti loodusmälestisobjektiks.

Tänapäev
Peale taasiseseisvumist võeti 1. juunil 1994. a-l vastu „Kaitstavate loodusobjektide seadus“. Selle alusel jaotati kaitsealused liigid nende ohustatuse ja kaitse ranguse järgi 3 kategooriasse. Kõige rangema kaitsega I kategooriasse kuulusid 22 taimeliiki ning 10 loomaliiki. 15. detsembril 1994. a-l võeti vastu II kategooria taime-, seene- ja loomaliikide nimekiri. III kategooria taime-, seene- ja loomaliikide nimekiri kinnitati 30. märtsil 1995. a-l.

Eelpool toodud nimekirjad kehtisid mõningate muudatustega kuni 2004. a 10. maini, mil hakkas kehtima „Looduskaitseseadus“. Sellega seoses muutusid oluliselt ka kaitstavate liikide nimekirjad. Uue elustikurühmana on nüüd kaitse all ka samblikud. Samas on oluliselt lühenenud kaitstavate linnuliikide loetelu. Uue seaduse alusel on isendipõhise kaitse korraldamise kõrval oluliselt suurenenud ohustatud liikide püsielupaikade säilitamise nõue.

Hetkel kehtivad kaitstavate liikide nimekirjad:
I ja II kategooria liigid RTI, 21.05.2004, 44, 313
III kategooria liigid RTL, 27.05.2004, 69, 1134