EELIS-es sisalduvatest andmetest on Keskkonnaportaalis kättesaadavad järgmised andmestikud:
  

Looduse kaitse:

• Kaitstavad alad - Looduskaitseseaduse alusel kaitse alla võetud kaitsealad (rahvuspargid, looduskaitsealad, maastikukaitsealad, kaitsealused pargid, uuendamata korraga kaitsealad), hoiualad, püsielupaigad, kaitstavad looduse üksikobjektid (nt looduskaitse alla võetud põlispuud, rändrahnud, allikad jt), kohaliku omavalitsuse kaitstavad loodusobjektid, projekteeritavad kaitstavad objektid; NB! Kaitsealuste liikide püsielupaikade täpseid asukohti näeb juriidiline isik keskkonnaportaali sisse logides. Eraisik saab infot esialgu päringu teel kaur@envir.ee aadressile.
• Rahvusvahelise tähtsusega alad  - Rahvusvaheliste looduskaitsekonventsioonidest ja EL direktiividest tulenevate nõuete täitmiseks moodustatud alad. Nendeks on Ramsari alad, Helcomi alad, Natura linnu- ja loodusalad ja UNESCO biosfääri kaitseala.
• Kaitsealuste liikide leiukohad - I, II ja III kaitsekategooria kaitsealuste liikide leiukohad. Kuna I ja II kaitsekategooria liikide täpsed leiukohad ei ole avalik info, siis juriidiline isik saab neile ligipääsu Keskkonnaportaali sisse logides. Eraisik saab infot esialgu päringu teel kaur@envir.ee aadressile.
• Võõrliigi leiukohad - valdavalt on andmed tõrjes olevate karuputke ja vereva lemmaltsa levikualade kohta
• Vääriselupaigad – Metsaseaduse §23 alusel inventeeritud metsaalad, kus kitsalt kohastunud, ohustatud, ohualdiste või haruldaste liikide esinemise tõenäosus on suur.

Seire:

• Seirejaamad

Vesi:

• Veekogud - Eesti veekogud (jõed, järved, kraavid, ojad, allikad, merealad)
• Pinnaveehaarded - veekasutuse aruannetest pinnaveehaarded ja aastased veevõtu kogused
• Põhjaveehaarded - veekasutuse aruannetest põhjaveehaarded ja aastased veevõtu kogused
• Puurkaevud - puuraukude ja puurkaevude andmestik.
• Reoveekogumisalad - keskkonnaministri käskkirjaga kinnitatud reoveekogumisalad. Tegu aladega, kus on piisavalt elanikke või majandustegevust reovee kanalisatsiooni kaudu kogumiseks ja reovee puhastisse või heitvee suublasse juhtimiseks.
• Puhastid - joogivee kui reoveepuhastid, peamiselt need mille kasutamiseks on välja antud keskkonnaluba
• Heitveelaskmed -veekasutuse aruannetest heitvee väljalaskmed ja aastased heitveekogused
• Tundlikud alad - looduslikult tundlikud ja ohustatud alad: Pandivere ja Adavere-Põltsamaa nitraaditundlik ala, karstialad, karstijärvikud, karstivormid, allika-alad, olulised allika- ja karstialad; üleujutusohuga siseveekogud.

Osad andmestikud ainult ruumiandmetena kaardirakenduses:

• Valglad ja vesikonnad - täiendav info siin.
• Pinna- ja põhjaveekogumid 
• Paisud - nii olemasolevad kui lammutatud / hävinud paisud

Loodusvarad:

• Jahipiirkonnad - jahipiirkond on jahiseaduse alusel suurulukijahi pidamiseks moodustatud ala, mille jahimaa pindala ühes ringpiiris on vähemalt 5000 hektarit.
• Jahitrofee - medaliväärsed näitustel hinnatud jahitrofeed.

Jäätmed ja ohuobjektid:

• Jääkreostusobjektid - Jääkreostusobjektide nimistu (endised sõjaväealad, mahajäetud asfaltbetoonitehased, katlamajad jne).

Osad EELISe andmestikud on praegu kättesaadavad EELIS infolehel:

• Ürglooduse objektid - Eesti ürglooduse raamatusse kantud objektid. Geoloogilised objektid, mille olemasolu selles nimekirjas ei tähenda automaatselt looduskaitselisi piiranguid. Küll on aga mitmed ürglooduse raamatusse kantud objektidest võetud ka looduskaitse alla; 
• Pärandkultuuriobjektid - Pärandkultuuriobjektid on kultuuriväärtuslikud objektid meie maastikus. Objektide andmed on kogutud Riigimetsa majandamise Keskuse (RMK) poolt INTERREG programmide poolt rahastatud projektide raames; 
• Liigid - nimekiri Eesti liikidest. EELIS-es kasutusel olev Eestis registreeritud liikide nimekiri koos põhilise infoga liikide kohta: süstemaatiline jaotus, kaitsekategooria, punase raamatu kategooria ning osade puhul ka kirjeldus ning üldine levikuinfo (nimekiri ei ole ametlik ega pruugi olla täielik); 
• Saared - Eesti meresaared; 
• Kaitsekorralduskavad - kaitstavatele aladele koostatud kaitsekorralduskavad.

Peale eelpoolnimetatud andmestike on EELISes veel: inventeeritud elupaikade, metsatoetusalade, tundlike alade, puuraukude, veehaarete, vesikondade, veekogumite, veevärkide, veelaskmete, reoveekogumisalade, paisude ja seirejaamade andmestik. 

Kuidas andmeid saab kasutada vaata artiklist: Ruumiandmete teenused ja EELISe kasutamine.